Yüzme havuzlarının olmazsa olmazlarından biri otomatik dezenfeksiyon sistemidir. Elle ve göz kararı yapılan kimyasal ilaveleri her zaman insan sağlığını tehlikeye atacak riskler barındırır. Otomatik dezenfeksiyon sistemi manuel sistemlere göre suyun sağlık açısından uygun ve içilebilir nitelikte kalmasını ayrıca insanların enfeksiyon riskinden uzak havuz suyuna taşınmış her türlü hastalığa sebep olabilecek mikrobiyal bakteri, mantar ve virüslerin öldürülmesi konusunda bir garantidir. Havuz suyu dezenfeksiyonu için vazgeçilmez şartlar vardır. Birincisi doğrudan havuz içine yapılan dezenfeksiyon sürekli olmalıdır. İkincisi filtre cihazının tutamadığı organik kirlilik, okside edici dezenfektanlarca yok edilmelidir. Ve son olarak havuz suyunun dezenfektan etkinliği basit ve güvenilir bir yolla sürekli ölçülüp, kontrol edilebilmelidir. Elbette havuzlarda dezenfeksiyonu sağlamak için otomatik sistemlerin de içinde olduğu pek çok yol vardır. Bunlar; klor dispanseri, klorinatör, ozon jeneratörü, dozaj pompaları, pH-orp otomatik kontrol paneli, tuz-klor jeneratörü olarak sıralanabilir. Hangi sistem kullanılırsa kullanılsın havuz suyunun pH ayarı için mutlaka asit ya da alkali kimyasalları kullanılır. pH ayarı olmadan havuz suyunu dengede tutmak mümkün değildir. Çöktürme, topaklama, parlatma işlemi için gerekli kimyasallar ya da yosun engelleyici kimyasalları kullanmak zorunludur. Zaman zaman havuzlarda yüksek oranda klor şoklamaları yapmak kaçınılmazdır. Yani dezenfeksiyon için ihtiyaç oranında kimyasal kullanmak zorunludur. Az kullanılan kimyasal yeterli etkiyi vermez, fazla kullanılan kimyasal ise ciddi sağlık sorunları yaratır. Sonuçta anlaşılacağı gibi tehlikeli olabilecek kimyasallar elle havuza ilave edilecek ise uzmanlar gözetiminde ilave edilmelidir. Ancak her an yetkin ve uzman iş gücünün havuz işletmesinde olmadığı anlarda da bu açığı kapatan sistemlerdir.